Observação: Em ambientes de produção recomendo realizar o backup completo da máquina virtual. Vou abordar o backup da aplicação e de suas configurações, no entanto no ambiente de produção eu realizo o backup da máquina virtual completa.
Efetue acesso SSH ao seu servidor. Se torne super usuário e execute o seguinte comando para criar uma pasta com o nome backup:
mkdir backup

Acesse a pasta backup com o seguinte comando:
cd backup

Vamos parar a execução do Guacamole com o seguinte comando:
/opt/bitnami/ctlscript.sh stop

Para criar o backup da aplicação execute o seguinte comando:
tar -pczvf application-backup.tar.gz /bitnami


Execute o seguinte comando para verificar se o arquivo application-backup.tar.gz foi criado:
ls

Para deixar o nosso backup mais completo vamos salvar os arquivos relacionados a aplicação com o seguinte comando:
tar -pczvf application-bin.tar.gz /opt/bitnami


Execute o seguinte comando para verificar se o arquivo application-bin.tar.gz foi criado:
ls

Para iniciar o Guacamole execute o seguinte comando:
/opt/bitnami/ctlscript.sh

O nosso Guacamole agora está funcional. Utilizando o aplicativo WinSCP ou outro similar realize a transferência dos arquivos de backup para um local seguro